В 2008 году Федеральное государственное унитарное предприятие «Атомфлот» вошло в состав Государственной корпорации по атомной энергии «Росатом» на основании Указа Президента Российской Федерации «О мерах по созданию Государственной корпорации по атомной энергии «Росатом» (№ 369 от 20 марта 2008 года). С 28 августа 2008 года ему переданы суда с ядерной энергетической установкой и суда атомного технологического обслуживания. На базе предприятия действует единый ледокольно-технологический комплекс гражданского атомного флота Российской Федерации.
В настоящее время в состав действующего флота входят: два атомных ледокола с двухреакторной ядерной энергетической установкой мощностью 75 тысяч лошадиных сил. Это атомоходы «Ямал», «50 лет Победы»; два ледокола – «Таймыр» и «Вайгач» – с однореакторной установкой мощностью 50 тысяч лошадиных сил; универсальные атомные ледоколы проекта 22220 «Арктика», «Сибирь» и «Урал» , атомный лихтеровоз-контейнеровоз «Севморпуть». В состав флота атомного технологического обслуживания входят две плавучие технические базы – «Имандра» и «Лотта», спецтанкер «Серебрянка» для жидких радиоактивных отходов, многофункциональный контейнеровоз «Россита».
